経営者である社長は給与所得者であり、通常は年末調整で精算を行うため、確定申告は不要である。ただし、次のような人は確定申告が必要となる。

（1）	給与の収入金額が2,000万円を超える人
（2）	給与以外の各種の所得金額（給与所得、退職所得を除く）の合計額が20万円を超える人
（3）	給与を2か所以上から受けている人
（4）	同族会社の役員やその親族で、その同族会社からの給与のほかに、貸付金の利子、店舗・工場などの賃貸料、機械・器具の使用料などの支払いを受けている人

  社長と同族会社との間の取引については、次のような注意が必要である。

  社長が会社への貸付金（会社側は役員借入金）について利息を収受した場合、雑所得として確定申告しなければならない。給与以外の所得が20万円以下の場合、原則確定申告は不要となっているが、同族会社から収受した場合には、たとえ20万円以下であっても確定申告しなければいけない。

  社長個人の建物を会社に貸し収入を得た場合、不動産所得として確定申告しなければならない。会社から収受した賃貸料が収入金額、減価償却費や固定資産税などが主な経費となる。こちらも、たとえ不動産所得が20万円以下となった場合においても、確定申告する必要がある。

  配当金については、上場会社の場合は10％（所得税7％＋地方税3％）の税金が源泉徴収される。一方、非上場会社については20％（すべて所得税）の税金が源泉徴収される。
  配当金については、「確定申告不要制度」があり、配当所得のうち一定のものは納税者の判断により確定申告をしなくてもよいこととされている。なお、確定申告不要制度の対象となる配当等は主に次のとおりとなっている。
�@ 上場株式等の配当等の場合（大口株主等が受ける場合を除く）
  支払を受けるべき配当等の金額にかかわらず、確定申告を要しない。
�A 上場株式等以外の配当等の場合
  1銘柄につき1回に支払いを受けるべき配当等の金額が、「10万円×配当計算期間の月数÷12」以下である場合には、確定申告を要しない。しかし、住民税においては、非上場株式の配当について確定申告不要制度はないため、住民税の申告をする必要はある。