新入社員が入社した場合、最初の給与計算をするまでに「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」（用紙：http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/pdf/h25_01.pdf）を受理しておく必要がある。控除対象となる配偶者や扶養親族がいない独身の人からも原則として受理しておく。なぜならこの申告書の提出があるかどうかで、給与に係る源泉所得税額の計算方法が異なり、提出がない場合は年末調整もできないことになるからだ。また、2か所以上から給与をもらっている人は、いずれか1か所でしかこの申告書を提出することはできない。なお、日雇い労働者についてはこの申告書を提出する必要はない。
  ちなみにこの申告書は、本来、給与の支払者を経由して税務署長及び市区町村長へ提出することになっているが、給与支払者は税務署長及び市区町村長から特に提出を求められた場合以外は提出する必要はなく、給与支払者が保存することになっている。平成25年１月1日以後に提出された申告書については、提出期限の属する年の翌年１月10日の翌日から7年間保存する必要があるので、注意していただきたい。

  給与を支払うときに源泉徴収する税額は、その支払の都度「平成25年分　給与所得の源泉徴収税額表（http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/zeigakuhyo2012/01.htm）」を使って求める。給与を毎月支払う場合等で「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の提出があるときは、「給与所得の源泉徴収税額表」の「月額表」の「甲欄」を使って税額を求める。提出がない場合は「乙欄」を使うことになる。「甲欄」のほうが「乙欄」より税額が少なくて済む。
  たとえば、「甲欄」の場合、その月の社会保険料等控除後の給与等の金額が88,000円未満の場合、源泉徴収税額はゼロとなる。一方、「乙欄」の場合はその月の社会保険料等控除後の給与等の金額に「3.063％」を乗じた税額を徴収しなければいけない。
  また、パートやアルバイトに対して日給や時間給で支払う給与については、あらかじめ雇用契約の期間が2か月以内と決められていれば、税額の少ない「日額表」の「丙欄」を使うことができる。
  ただし、最初の契約期間が2か月以内の場合でも、雇用契約の期間の延長や再雇用のため2か月を超える場合があるが、契約期間が2か月を超えればその日から「日額表」の「丙欄」を使うことはできないので、ご留意いただきたい。