所得税の源泉徴収義務者である事業主は、平成25年１月1日から支払う給与や報酬等につき源泉徴収をする際、復興特別所得税を併せて徴収し、源泉所得税の法定納期限までに両方を国に納付しなければならない。源泉徴収すべき復興特別所得税の額は、源泉徴収すべき所得税の額の2.1％相当額とされている。
  また、外交員などに支払う報酬等についても、所得税及び復興特別所得税の合計税率を乗じて計算した金額を徴収し、納付する。
  源泉徴収した所得税及び復興特別所得税は、原則として、給与などを実際に支払った月の翌月10日までに国に納めなければない。
  しかし、従業員が10人未満の会社等の場合、年2回の納付で済む「源泉所得税の納期特例」を選択しているところも多いと思われる。前回は1〜6月分を7月10日までに納付し、今回は7〜12月分を来年１月20日までに納付することになる。ただし、納期特例の対象となるのは、給与や賞与から源泉徴収をした所得税及び復興特別所得税と、税理士、弁護士、司法書士などの一定の報酬から源泉徴収をした所得税及び復興特別所得税に限られている。外交員などに支払う報酬等については適用がないので、再度確認していただきたい。

  これまで給与所得控除額については青天井で設けられていた（1,000万円超の場合、給与等の収入金額×5%＋170万円）が、平成25年分から給与等の収入金額が1,500万円を超える場合の給与所得控除額については245万円の定額となった。所得税は平成25年度分から、個人住民税は平成26年度分から適用となる。
  対象者については税負担が増えることになるが、今からでもできる税負担軽減策の一つとして、小規模企業共済への加入がある。こちらについては、今から月払いで加入したとしても大きな効果は望めないが、年払いで加入することにより最高７万円×12ヶ月＝84万円の所得控除額を増やすことができ、税負担を軽減することができる。

  一般に退職所得については、「（退職金−退職所得控除額）×1／2」で計算され、優遇されていた。しかしながら、平成25年１月1日以降に支払われる、役員等勤続年数５年以下の「特定役員退職手当等」については、この1／2優遇措置が廃止された。この特定役員には、法人の取締役や監査役等が含まれるが、当然、中小企業の役員も対象となるため、計算間違いのないように注意していただきたい。

参照 国税庁：平成25年分　年末調整のしかた
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/nencho2013/01.htm