最高裁の決定により、民法が改正されることになるが、この件に関する税法の改正は発生しない。ただし、相続税額を計算する上で法定相続分のあり方は主要な要素であるため、今回の最高裁の決定が及ぼす影響は大きく、早速に取扱い内容が公表されたものと思われる。
  基本的な取扱内容は、相続税の申告または処分が違憲判断のあった日の翌日の9月5日以後に行われたかどうかで異なる。まず、9月5日以後に新たな相続税の申告を行う場合は、今回の決定内容を反映した取扱い、つまり、嫡出子・非嫡出子の法定相続分は同等のものとして相続税額が計算される。
  これについては、相続開始の日が9月4日以前であっても、また、法定申告期限が9月4日以前であるにもかかわらず申告期限後の申告となった場合であっても、同様の取扱いが適用される。また、9月5日以後に申告した内容が、非嫡出子の法定相続分を嫡出子の2分の１として計算されたものである場合は、嫡出子・非嫡出子の法定相続分は同等のものとして再計算することで相続税額が減額するのであれば、そのことのみを理由とした更正の請求が可能となる。

  今回の最高裁の決定では「本決定までに開始された相続について、確定的なものとなった法律関係に影響を及ぼすものではない」とされている。そのため、違憲判断のあった9月4日以前に、申告や処分によって相続税額が確定している場合、たとえ嫡出子・非嫡出子の法定相続分は同等のものとして再計算することで相続税額が減額しても、そのことだけを理由として更正の請求はできない。
  ただし、9月4日以前に申告済みであっても、法定申告期限が9月5日以後であれば、新たに計算し直した内容で再度申告することができるので、嫡出子・非嫡出子の法定相続分は同等のものとして再計算した内容で申告をし直すことは可能である。
  次に、遺産分割が完了しなかったためにいったん9月4日以前に申告を行ったが、その後、遺産分割協議の確定により9月5日以後に更正の請求を行う場合は、嫡出子と非嫡出子の法定相続分をどう取扱うかという問題があるが、これに関しては、嫡出子・非嫡出子の法定相続分は同等のものとして取り扱うこととなる。また、財産の申告漏れや相続財産評価の誤りがあったために、修正申告が必要となった場合にも、相続税額の確定が9月5日以後となるため、同様の取扱いとなる。
  詳しい取扱い方法については、国税庁のホームページにて確認することができる。

参照 国税庁ホームページ「相続税法における民法第900条第4号ただし書前段の取扱いについて（平成25年9月4日付最高裁判所の決定を受けた対応）」
http://www.nta.go.jp/sonota/sonota/osirase/data/h25/saikosai_20130904/index.htm