平成23年度の税制改正で改正・施行された税務調査手続の明確化に伴って、「調査」と「行政指導」の区分が明示されることとなった。これは、単なる用語定義の問題ではなく、納税者にとって重要な意味を持っている。なぜなら、どちらに該当するかで加算税の有無が変わってくるためである。
  まず、「調査」とは、「国税に関する法律の規定に基づき、特定の納税義務者の課税標準等又は税額等を認定する目的その他国税に関する法律に基づく処分を行う目的で、税務職員が行う一連の行為（証拠資料の収集、要件事実の認定、法令の解釈適用など）」をいう。上記調査には、更正決定等を目的とする一連の行為のほか、異議決定や申請等の審査のために行う一連の行為も含まれる。
  一方、税務職員が提出された納税申告書の自発的な見直しを要請する行為等で、特定の納税義務者の課税標準等又は税額等を認定する目的で行う行為に至らないものは、調査には該当せず、「行政指導」とされる。

  「調査」に基づき、納税者が修正申告書を提出した場合には、延滞税のほかに、10％（期限内申告税額と50万円のいずれか多い金額を超える増差税額については15％）の過少申告加算税などが課税される。
  一方、「行政指導」に基づき、納税者が自主的に修正申告書を提出した場合には、延滞税はかかる場合があるが、過少申告加算税はかからない（当初申告が期限後申告の場合は、無申告加算税が原則5％かかる）。
  このように「調査」と「行政指導」の区分は納税者に大きな影響を与えるため、税務職員が納税義務者等に対し調査又は行政指導に当たる行為を行う際は、対面、電話、書面等の態様を問わず、いずれの事務として行うかを明示した上で、それぞれの行為を法令等に基づき適正に行うこととされている。つまり、修正申告書の提出前に、過少申告加算税がかかるかどうかがわかる仕組みとなっている。