日本で勤務する給与所得者が、1年以上の予定で海外転勤や海外出向をする場合には、原則として所得税法上の非居住者になるため、出国時までに年末調整する必要がある。
  手続きは、通常の年末調整と変わらない。提出済みの「給与所得者の扶養控除等申告書」を確認の上、「給与所得者の保険料控除申告書」を本人から提出してもらう。この際、申告書に記入する保険料は、非居住者となる日までに支払った金額となる。
  また、控除対象配偶者や控除対象扶養親族に該当するかどうかは、出国時の現況で判断する。配偶者や扶養親族に所得があるかどうかは、海外勤務となる年の1年分の所得金額を出国時の現況で見積もって判断することとなる。この所得金額には国外源泉所得は含まれないため、出国後に海外で得られる収入については含まれない。なお、年の途中で出国する場合でも、配偶者控除や扶養控除については期間按分することなく、満額の控除を受けることができる。
  年末調整の際には、市区町村に給与支払報告書の提出が必要となるが、海外転勤等の場合には、出国時にすぐ提出する必要はない。給与支払報告書は翌年1月1日現在に住民登録している市区町村に提出するため、現時点ではまだ提出先が確定しないからである。

  海外転勤等をする本人の手続きとしては、納税管理人の選任がある。1年以上の予定で海外転勤等をする場合、原則として所得税法上の非居住者となるが、非居住者の所得のうち、日本国内で発生した一定の所得については、引き続き日本の所得税が課税される。そのような場合には、非居住者の確定申告書の提出や税金の納付等の手続きを行うために、法人または個人の「納税管理人」を定める必要がある。
  納税管理人を定める場合には、その非居住者の納税地を所轄する税務署長に「所得税の納税管理人の届出書」を提出する必要がある。この届出書を提出すると、税務署が発送する書類は納税管理人あてに送付されるが、確定申告書は非居住者の納税地を所轄する税務署長に対して提出することになる。また、必要があれば、住民税についても市区町村に納税管理人の届出を提出することになる。