消費税は国内取引だけではなく、輸入取引に対しても課税される。厳密には、外国貨物を保税地域から引き取る者は、原則としてその引取りの時までに輸入申告書を提出し、消費税を納付しなければならない。
  輸入消費税の計算は、通常の消費税の計算とは違い、単純に8％を乗じた額とはならない。具体的には、関税課税価格（いわゆるCIF価格^（注））に消費税以外の個別消費税（酒税、たばこ税など）の額及び関税の額に相当する金額を加算した合計額が外国貨物の課税標準となり、これに8％（消費税6.3％、地方消費税1.7％）を乗じて計算した額となる。そのため、税関の調査等で関税の金額が修正になれば、自動的に輸入消費税の金額も変わってくることになる。

  輸入される物品の種類次第では、関税が免税となるものがあるが、関税が免税になったからといって、輸入消費税が必ず免税になるわけではない。関税の免税に併せて輸入消費税も免税となるものとしては、携帯品、引越荷物、慈善・救じゅつ^※用の寄贈物品、外交官用荷物、再輸出免税貨物等がある。
  また、免税とはならないが輸入消費税が軽減される場合もある。例えば、輸入される貨物が輸入許可の前に変質又は損傷等した場合には、変質又は損傷したことによって、その貨物の価格の低下分に相当する額の輸入消費税が軽減される。また、外国において加工又は修繕するために日本から輸出された貨物で、輸出の許可の日から原則1年以内に輸入される課税物品（一定のものに限る）については、その加工又は修繕によって付加された価値の部分が実質的な輸入であるとして消費税が軽減される。
  なお、輸入消費税は、原則として輸入品を保税地域から引き取ろうとする者が、品名、数量、金額等と消費税額などを記載した申告書を保税地域を所轄する税関長に提出し、引き取るときまでに消費税を納付しなければならないが、税関長に納期限の延長についての申請書を提出し、担保を提供すれば、担保の額の範囲内の消費税額について、最長3ヶ月間の納期限の延長が認められる。