平成28年からマイナンバー制度が始まることに伴い、「平成28年分給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」のフォームが変更になっている。従業員及びその扶養家族のマイナンバーを記載する欄が追加されているので、必ずご確認いただきたい。
  今年（平成27年分）の年末調整にマイナンバーは関係ないが、平成28年分の扶養控除等申告書にマイナンバーを記載・提出してもらうことをお勧めする。平成27年12月以前であっても、会社として、マイナンバー付きの扶養控除等申告書を回収することは可能である。
  マイナンバーは早い人で平成28年1月に退社する方から影響が出てくる。また、1年後にマイナンバーを提出してもらおうとしたときには通知カードを紛失している方もいるかもしれない。様々な点を考慮すると、マイナンバーを記載した平成28年分の扶養控除等申告書を一斉に従業員に提出してもらう方が、導入がスムーズかと思われる。また、乙欄適用で給与を支払っている人についても、マイナンバーを別途収集する必要がある。

  扶養控除等申告書にマイナンバーを記載してもらうには、その利用目的を従業員等に事前に通知しなければいけない。マイナンバーを年末調整以外の目的に使用したい場合には、「利用目的通知書」に可能性のある業務を全て記載しておくといいだろう（下記参照）。

  給与計算担当者など個人番号事務取扱担当者は、扶養控除等申告書の提出を受ける際に、従業員の本人確認をする必要がある（入社時に住民票等で確認していて、成りすまし問題が発生しない場合は不要）。ただし、扶養家族等の本人確認は従業員が行うため、担当者は本人確認をする必要はない。
  マイナンバーが正しく記載されているか不安で心配という場合は、提出を受ける際に通知カードのコピーを一緒に提出してもらうことをお勧めする。現在の政府の指針では扶養家族等の通知カードのコピーを提供してもらうことも問題がない。
  ただし、通知カードのコピーを会社で保管する場合は、適切な安全管理措置を実施する必要があるため、特に問題がなければ、通知カードのコピーは破棄し、少しでも漏えいのリスクが減るようにしたい。
  また、扶養控除等申告書の保存期間である7年間が終了した後は、マイナンバーが記載された扶養控除等申告書を速やかに破棄し、それ以降も申告書を保管したい場合は、マイナンバーの部分はマスキング処理などを施し、マイナンバーが見えなくなるようにする必要があるので、注意してほしい。