法人税額は、所得金額に次の区分に応じた税率を乗じて計算します。

  同族会社は、少数の特定の株主によって支配されているため、株主の所得税負担を軽くするため配当を少なくし、利益を必要以上に留保することもできます。これを防ぐために、同族会社が一定の限度額を超える留保をした場合には、上記法人税額のほかに、特別税率による法人税が加算されます。

  留保金課税の対象となる同族会社は、同族関係者1グループで発行済株式総数の50％超を保有している会社です。
  なお、資本金の額または出資金の額が1億円以下である中小企業は、留保金課税の適用対象から除外されます。

  法人が使途秘匿金の支出をした場合は、通常の法人税に加え、使途秘匿金支出額の40％の法人税を追加課税します。この使途秘匿金の支出とは、法人が行った金銭の支出（贈与、供与その他これらに類する目的のためにする金銭以外の資産の引き渡しを含む）のうち、相当の理由がなく、その相手方の氏名など（氏名または名称、および住所または所在地、ならびにその事由をいいます）を当該法人の帳簿に記載していないものをいいます。ただし、資産の譲り受け、その他の取り引きの対価であって、その額が相当であると認められるものは除かれます。

  税額控除には、「所得税額控除」「外国税額控除」などがあります。

  所得税額控除は税額控除の代表的なもので、法人が、利子・配当等を受け取ったときに課税された源泉所得税は、法人税額から控除します。これは、所得税と法人税の二重課税を避けるためです。預金利子を受け取ったときに課税された源泉所得税は全額控除できますが、公社債の利子や株式の配当などを受け取ったときに課税された源泉所得税は、所有期間に見合う分のみが対象となります。