役員や使用人に通常の給与に加算して支給する通勤手当について、一定額までは非課税となっている。公共交通機関を使用している場合には、月額最高10万円までは非課税である。
  一方、マイカーなどで通勤している人の1か月当たりの非課税限度額は、片道の通勤距離に応じ、次のように定められている（以下、距離比例額）。
  具体的には、2�q未満は全額課税、2�q以上10�q未満が4,100円、10�q以上15�q未満が6,500円、15�q以上25�q未満が11,300円、25�q以上35�q未満が16,100円、35�q以上45�q未満が20,900円、45�q以上が24,500円となっている。
  ただし、マイカー通勤者で片道の通勤距離が15�q以上の人が、電車やバスなどの公共交通機関を利用して通勤しているとみなしたときの通勤定期券1か月当たりの運賃相当額が、距離比例額を超えるときは、その運賃相当額までを非課税（10万円が上限）とされる特例がある。

  平成23年度税制改正により、運賃相当額が距離比例額を超える場合に、運賃相当額までが非課税とされる特例が廃止された。これにより、通勤手当の金額が距離比例額を超える場合には、その距離比例額を超える金額については、給与課税の対象となる。この改正は、平成24年1月1日以後に受けるべき通勤手当について適用されるため、この1月の給与から見直しが必要となる。
  例えば、通勤距離片道50�q（距離比例額24,500円）、運賃相当額30,000円、実際支給している通勤手当の金額32,000円の人の場合、現行では、運賃相当額30,000円まで非課税で支給できるので、（32,000円−30,000円＝2,000円）が給与の額に上乗せして源泉徴収の対象となる。
  しかし、1月からは距離比例額24,500円までしか非課税とならないため、（32,000円−24,500円＝7,500円）が給与の課税対象となってしまう。

出典：国税庁
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/aramashi2011/pdf/01.pdf

  この改正により、課税対象となる部分が増えてしまう（増税）ため、手取りが減る可能性がある。また所得税が増えるということは、住民税にも影響を及ぼすことを覚えておいて欲しい。
  この1月支給分からの適用となるため、マイカー通勤者に通勤手当を支給している会社は、見直しをする必要がある。また、対象者にアナウンスし、支給方法や支給金額について確認されることを検討いただきたい。