経済産業大臣の認定の有効期間である5年間に、経営承継相続人が代表者でなくなる等、その認定の取消事由に該当する事実が生じた場合には、猶予税額の全額を納付します。また、上記期間経過後において、特例適用株式等の譲渡等をした場合には、特例適用株式等の総数に対する譲渡等をした特例適用株式等の割合に応じて猶予税額を納付します。そしてこれらの猶予税額を納付する際には、相続税の法定申告期限からの利子税（本則：年3.6％）を併せて納付します。
  また、相続税の納税猶予の適用を受けるためには、原則として、特例適用株式等のすべてを担保に供さなければなりません。
  一方、相続税の納税猶予の適用を受ける場合でも、小規模宅地等についての相続税の課税価格の計算の特例の適用を認めることとしています。従来の「自社株式に係る相続税の10％減額特例」でも小規模宅地特例とは併用が可能でしたが、部分的なものでした。このたびの相続税の納税猶予の場合は、完全併用が可能となっています。これらをまとめたのが以下の図解となります。

（経済産業省資料より）

  この相続税の納税猶予制度の適用開始は、中小企業における経営の承継の円滑化に関する法律の施行日である平成20年10月1日以後の相続等となっています。ただし、平成20年10月1日から平成21年3月31日までに開始した相続に係る被相続人の遺産に非上場会社の株式等が含まれており、かつ、その被相続人がその非上場会社の代表者であった場合には、その被相続人に係る相続税の申告書の提出期限を平成22年2月1日まで延長します。