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Ⅲ.法人課税における主な改正
5. イノベーションボックス税制の創設  
 青色申告書を提出する法人が、令和7年4月1日から令和14年3月31日までの間に開始する各事業年度において居住者若しくは内国法人(関連者であるものを除きます)に対する特定特許権等の譲渡又は他の者(関連者であるものを除きます)に対する特定特許権等の貸付け(以下「特許権譲渡等取引」)を行った場合には、次の金額のうちいずれか少ない金額の30%に相当する金額は、その事業年度において損金算入できることとされます。
@ その事業年度において行った特許権譲渡等取引ごとに、次のイの金額に次のロの金額のうちに次のハの金額の占める割合を乗じた金額を合計した金額
その特許権譲渡等取引に係る所得の金額
当期及び前期以前(令和7年4月1日以後に開始する事業年度に限る)において生じた研究開発費の額のうち、その特許権譲渡等取引に係る特定特許権等に直接関連する研究開発に係る金額の合計額
上記ロの金額に含まれる適格研究開発費の額の合計額
A 当期の所得の金額
(注1) 上記の「関連者」は、移転価格税制における関連者と同様の基準により判定されます。
(注2) 上記の「特定特許権等」とは、令和6年4月1日以後に取得又は製作をした特許権及び人工知能関連技術を活用したプログラムの著作権で、一定のものをいいます。
(注3) 特定特許権等の貸付けには、特定特許権等に係る権利の設定その他他の者に特定特許権等を使用させる行為を含みます。
(注4) 上記の「研究開発費の額」とは、研究開発費等に係る会計基準における研究開発費の額に一定の調整を加えた金額をいいます。
(注5) 上記の「適格研究開発費の額」とは、研究開発費の額のうち、特定特許権等の取得費及び支払ライセンス料、国外関連者に対する委託試験研究費並びに国外事業所等を通じて行う事業に係る研究開発費の額以外のものをいいます。
(注6) 令和9年4月1日前に開始する事業年度において、当期において行った特許権譲渡等取引に係る特定特許権等のうちに令和7年4月1日以後最初に開始する事業年度開始の日前に開始した研究開発に直接関連するものがある場合には、上記@の金額は、次の@の金額に次のAの金額のうちに次のBの金額の占める割合を乗じた金額とされます。
@ 当期において行った特許権譲渡等取引に係る所得の金額の合計額
A 当期、前期及び前々期において生じた研究開発費の額の合計額
B 上記Aの金額に含まれる適格研究開発費の額の合計額
(注7) 本制度の適用において、法人が関連者に対して支払う特定特許権等の取得費又はライセンス料が独立企業間価格に満たない場合には、独立企業間価格によることとし、国内の関連者に対してこれらの費用を支払う場合には、所要の書類を作成し、税務当局からの求めがあった場合には遅滞なく提示し、又は提出しなければならないこととされます。また、更正期限を延長する特例、同業者に対する質問検査権、書類の提示又は提出がない場合の推定課税その他所要の措置が講じられます。
出典: 令和6年度(2024年度)経済産業関係税制改正について(令和5年12月 経済産業省)
出典: 令和6年度(2024年度)経済産業関係税制改正について(令和5年12月 経済産業省)
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