GoToトラベル事業は、宿泊や日帰りの国内旅行を対象に、旅行代金の1/2相当額（1人1泊あたり上限2万円）が国から旅行者に支援されるものである。支援額のうち7割（旅行代金の35％）相当は旅行代金に充当され、残りの3割（旅行代金の15％）相当は、旅行先の土産物店等での商品代金等の支払いに利用できる地域共通クーポンとして付与される。

 11月6日より前の販売分に関してはビジネス出張目的でも給付されていたが、11月6日以降の販売分に関しては、事業の利用を制限するための措置が講じられ、対象外となった。

 GoToトラベル事業は、旅行代金の一部を国が補助する仕組みである。旅行者側においては、支出する現金が少なくなることからすると、代金の値引がされているように思えるが、旅行代金そのものが値引されているわけではない。したがって旅行商品の対価の額は変わらず、旅行代金全額が課税仕入れの対象となる。

 会社側での出張旅費の会計処理としては、旅行代金全額（22,000円）を精算するパターン①と、国からの補助を除いた金額（7,700円）を精算するパターン②が考えられる。

 一方、旅行・宿泊事業者側においては、旅行者から実際に現金等で受け取る額（給付金相当額が差し引かれた額）ではなく、商品代金の全額が消費税の課税売上となる。なお、給付金相当額は商品販売時に未収入金として計上し、GoToトラベル事務局から給付金を受領したときに現金等として処理することが必要となる。

 出張旅費は通常、従業員と精算して会社が負担することになるが、GoToトラベルで補助される分を含めて従業員が精算しても、基準を満たせば給与課税には該当しない。非課税となるには、その出張旅費が通常必要であると認められるものでなければならない。通常必要かどうかは一般的には社内の出張旅費規程の金額等の範囲内であるかを基準に判断することになると考えられる。

 GoToトラベル事業における旅行代金の充当は、旅行会社等が旅行者に代わって国から受け取る補助分を差し引いているにすぎないため、GoToトラベル対象商品が通常必要な範囲内であれば、補助分を含めて精算したとしても、精算した額の全額が非課税所得に該当する。