会計検査院が公表した令和３年度決算検査報告によると、各省庁や政府関係機関などの税金のムダ遣いや不正支出、経理処理の不適切などを指摘したのは310件、約455億2,351万円（297件分）だった。前年度に比べ、指摘件数は100件増加。前年度に引き続き、新型コロナ感染防止への対応として、検査官による実地検査が検査対象機関に配慮する中で、指摘件数は増加したが、指摘金額では前年度の約2,109億円を大幅に下回った。

 財務省に対しては、法令違反に当たる不当事項として、税金の徴収額の過不足１億6,216万円（うち過大154万円）が指摘された。検査の結果、46税務署において、納税者69人から税金を徴収するに当たり、徴収不足が72事項、１億6,062万円、徴収過大が２事項、154万円。前年度は、42署において徴収不足が52事項、１億5,492万円だったので、徴収不足はほぼ横ばいだったことになる。昨年度、徴収過大はなかった。

 徴収が過不足だった74事項を税目別にみると、「法人税」が28事項（うち過大１事項）で徴収不足が8,129万円（同▲96万円）と最も多く、以下、「申告所得税」22事項、同4,922万円、「消費税」13事項、同2,240万円、「相続・贈与税」７事項（同１事項）、同459万円（同▲58万円）、「源泉所得税」２事項、同171万円などだった。これらの徴収過不足額については、会計検査院の指摘後、全て徴収決定・支払決定の処置がとられている。